宠物除臭剂的原理一般分为：化学反应除臭，生物酶催化除臭，物理吸附除臭，香味遮盖除臭等原理。

化学反应除臭：氧化分解原理是宠物除臭剂中含有氧化剂成分，如氧化氢，次氯酸钠等成分与宠物体味中的氢，硫化物等化合物发生化学反应，将氧化并分解为无臭或低臭物质。

生物酶催化除臭：生物酶是另一种重要的除臭成分，它作为生化除臭剂能够加快化学反应的速度，在宠物除臭剂中，特定的生物酶可以针对氨，硫化氢等臭味进行催化分解。

物理吸附除臭：是通过多孔物质的物理吸附将臭气去除，这类除臭比表面积大，空隙多，吸附交换能力强，可以利用分子间范德华力将臭味物质吸附。

香味遮盖除臭原理：除化学反应和物理吸附除臭外，宠物除臭剂通常还会添加香味成分来遮盖气味。其香味成分通常是天然香精或合成的植物香料，散发出宜人的香气与宠物体味发生反应相互干扰，达到掩盖原有异味的效果。